Ayakashi bercerita tentang kekuatan hidup parasit yang memberikan kekuatan super untuk menjadi tuan rumah, mengambil kembali seluruh kekuatan hidup inang. Kusaka Yuu adalah mahasiswa yang kehilangan keinginan untuk hidup setelah kematian teman masa kecilnya, sampai suatu hari seorang gadis misterius bernama Yoake EIM, muncul. Sejak saat itu, hidupnya tidak akan pernah sama lagi.