Ketika ancaman ancaman Malaikat meningkat, kekuatan pertahanan manusia didorong untuk batas-batasnya, dengan NERV di garis depan perjuangan. Shinji Ikari dan rekannya Rei Ayanami dibantu oleh dua pilot baru: berapi-api Asuka Langley dan Mari Makinami misterius.
Dengan bantuan unit Evangelion mekanik mereka, dilengkapi dengan senjata yang sempurna untuk terlibat lawan mengerikan mereka, empat jiwa-jiwa muda berjuang mati-matian untuk melindungi orang yang mereka cintai dan mencegah kiamat akan datang. Tapi ketika rahasia mengejutkan dibawa ke cahaya, akan tantangan terbesar pahlawan ‘terbukti menjadi monster … atau kemanusiaan itu sendiri?