Toru Acura adalah bekas tentara 20 tahun yang berusaha hidup setelah perang usai. Ia bertemu dengan Chaika Trabant, seorang penyihir 14 tahun yang membawa peti mati, dan mengikutinya dengan harapan akan menemukan beberapa tujuan yang sama. Keduanya didampingi oleh adik Angkat Toaru yang bernama Akari, yang merupakan anggota dipekerjakan sebagai sumber penghasilan Toaru.