Kali ini Inazuma Eleven Go 2 berkisah tentang Matsukaze Tenma yang kembali lagi ke SMP Raimon setelah berlatih sepak bola dengan anak-anak kecil. Tenma yang kembali kesekolahnya terkejut karena ternyata saat melihat lapangan sepak bola sekolah Raimon digunakan untuk bermain baseball lalu ketika masuk ke gedung sepak bola Raimon ternyata digunakan untuk Tim Bola basket. Tenma yang mengetahui perubahan ini kemudian mendatangi teman-teman satu tim sepak bolanya dan menanyakan tentang perubahan yang terjadi disekolah. Setelah menemui semua teman-temannya ternyata semua teman-temannya juga mengalami perubahan dan tidak memilih ekstrakulikuler sepak bola. Tenma semakin bingung dengan perubahan yang terjadi dan tenma kemudian berdiam diri dilapangan dan berpikir tentang apa yang sedang terjadi. Dia bersedih karena tahu kalau teman-temannya sudah melupakan sepak bola yang dicintainya. Kemudian datanglah Alpha. seorang anak kecil yang diberi tugas untuk menghapus ingatan semua orang tentang sepak bola oleh suatu Organisasi yang ingin menghapus keberadaan sepak bola dari dunia.

Alpha datang untuk menghapus kenangan Tenma tentang sepak bola. Tetapi ternyata hal itu tidak terjadi dan para petinggi Organisasi tersebut juga bingung padahal kenangan Tenma sudah dirubah tetapi dia masih ingat dengan sepak bola. Kemudian Alpha membawa Tenma pergi ketempat lain dalam sekejap di tepi pantai. Ternyata disana Tenma dihajar dengan bola yang ditendang oleh Alpha dan teman-teman yang tiba ditempat itu. Kemudian setelah beberapa saat muncullah, laki-laki berambut hijau bernama Fei Rune menolong Tenma dari keroyokan itu. Fei Rune menantang Alpha dan timnya bermain sepak bola 11-11 dengan Tim Fei dan Tenma.

Bagaimana hasil pertandingan tim Tenma+Fei Rune melawan Tim Alpha? Bagaimanakan Tenma+Fei Rune mengembalikan ingatan tentang sepak bola teman-teman satu tim Tenma?Teman-teman baru seperti apa lagi yang akan datang membantu Tenma?Apa nama Organisasi Alpha dan timnya dan apa tujuannya sebenarnya menghapus sepak bola?